단백질 구조 기초: 아미노산, Folding, PDB
단백질은 아미노산 서열이 3D 구조로 접힌 결과물이다. 약물은 이 3D 구조의 특정 부위에 결합하므로, 구조를 모르면 docking과 binding affinity도 잘 이해되지 않는다.
1. 구조 단계
- 1차 구조: 아미노산 순서
- 2차 구조: alpha-helix, beta-sheet
- 3차 구조: 전체 3D 접힘
- 4차 구조: 여러 chain이 모인 복합체
2. Folding이 왜 어려운가
아미노산 서열만 알아도 가능한 3D 배치 경우의 수가 매우 많다. 실제 생물학적 환경에서는 에너지적으로 안정한 구조가 선택되지만, 이를 계산으로 맞히는 문제는 매우 어렵다.
3. PDB는 무엇인가
PDB는 단백질 구조를 저장한 대표 데이터베이스이자 파일 형식이다. 각 원자의 3D 좌표를 담고 있어서 docking과 구조 기반 생성의 출발점이 된다.