단백질-리간드 도킹과 Virtual Screening 기초
도킹은 이 분자가 단백질 pocket에 어떻게 들어가고 얼마나 잘 붙을까를 계산하는 문제다. virtual screening은 이 과정을 대규모 후보에 적용해 유망 분자를 빠르게 거르는 단계다.
1. 기본 개념
- Protein: 표적 단백질
- Ligand: 결합을 시도하는 작은 분자
- Binding pocket: 리간드가 들어가는 부위
- Binding affinity: 얼마나 잘 결합하는가
2. 도킹은 무엇을 하나
protein + ligand -> pose + score 문제다. 리간드가 어떤 자세로 들어갈지와 그 자세가 얼마나 그럴듯한지 본다.
3. 왜 도킹만으로 부족한가
점수 함수가 실제 생화학을 완전히 반영하지 못하고, ADMET나 합성 가능성도 따로 봐야 하기 때문이다.