AlphaFold2와 단백질 구조 예측 이해
AlphaFold2는 아미노산 서열만으로 단백질 3D 구조를 매우 정확하게 예측한 대표 모델이다. 신약개발에서 중요한 이유는 구조를 모르는 표적에 대해서도 구조 기반 분석을 더 넓게 할 수 있게 했기 때문이다.
1. 문제 정의
입력은 amino acid sequence, 출력은 3D structure다. sequence-to-structure 문제다.
2. 왜 중요했나
실험적으로 구조를 얻는 방법은 시간과 비용이 크다. 구조 예측 정확도가 올라가면 더 많은 단백질에 대해 pocket 분석과 docking 후보 탐색을 시도할 수 있다.
3. 한계
구조 예측이 docking을 완전히 대체하는 것은 아니다. dynamics, induced fit, solvent effects는 여전히 별도 문제다.